项目区属于暖温带大陆性干旱荒漠气候，其特点是：冬季寒冷，夏季炎热，秋季凉爽，春季升温快，年降水量稀少且蒸发量大，光照长，光热资源充足，四季分明，昼夜温差大，干燥多风，多年平均气温11.9℃，年平均降水量45.1mm，年平均蒸发量2100mm,蒸发比为46.6：1，主要灾害性天气有大风，冰雹，干热风和霜冻。最大冻土层深度为60cm。
五十二团属于暖温带大陆性干旱荒漠气候，其特点是：冬季寒冷，夏季炎热，秋季凉爽，春季升温快，年降水量稀少且蒸发量大，光照长，光热资源充足，四季分明，昼夜温差大，干燥多风，多年平均气温11.9℃。四季温差变幅大和昼夜温差大。最大冻土层深度为60cm。
项目区内无霜期较长，无霜期年平均197天，初霜一般在10月中旬，终霜一般在次年3月下旬。≥10℃的年平均积温是4204.3℃。
项目区内降水稀少，而且比较集中，多年平均降水量45.1mm，多集中在5-8月份，冬季无稳定积雪日。项目区蒸发较强烈，年蒸发量在2100mm左右，蒸降比为46.6，其中以六、七月份高温期蒸发最强烈。稀少的降水，强烈的蒸发，干燥的气候，决定了灌区农业生产完全依赖于灌溉。
项目区内常年风向以东北风为主，平均风速为2.3m/s，8级以上大风多年平均为10天，大风日数年际变化大，最多年超过30天，最少年仅为2天，最大风速17m/s，多发生在4-7月、9-10月份。主要灾害性天气有大风、冰雹、干热风和霜冻。
