第S02标段起自广州市番禺区南浦岛西三村西侧，接第S01标段东沙特大桥南引桥桥头K3+040.000（=第S01标段K3+040.000）处，沿深海水道东岸向南，跨越大石水道，止于广州鳄鱼公园东南、大石水道特大桥南引桥桥头K5+451.540，与第S03标段相接，路线全长2.41154km。
本路段全部在广州市番禺区大石镇境内。主要工程包括南浦互通立交、大石水道特大桥主桥、引桥。本标段主线全部为桥梁，仅互通区匝道存在部分填方路基工程；共设置南浦互通立交1处，特大桥2411.54m/2座（含互通主线桥），匝道收费站4处。
