正线轨道采用重型轨道标准，一次铺设跨区间无缝线路。正线除长度大于或等于6000m以上的隧道内铺设无碴轨道外，其余均采用有碴轨道；樟林站(含)至福州站(含)既有线维持现有轨道标准，福州至樟林增建二、三线；正线钢轨采用60kg/m、50m定尺无孔钢轨（正线长度大于或等于1000m以上的隧道内采用同级耐腐蚀钢轨）。
正线路基采用2.6m长的Ⅲ型无挡肩砼枕，弹条Ⅲ型扣件，桥上采用Ⅲ型砼桥枕，轨枕均按1667根/km铺设。在有碴桥上需要减小线路纵向阻力的地段或设置伸缩调节器两端各100m范围内，采用小阻力扣件；有碴桥上其他地段采用弹条Ⅱ型扣件。明桥面采用K型分开式扣件。岔区铺设砼岔枕。轨下垫板采用静刚度50-80KN/mm的垫板。
区间正线单线道床顶宽3.5m，土质路基道床厚度30cm，石质、桥、隧道床厚度为35cm，道床边坡1：1.75，碴肩堆高15cm。
正线道床道碴采用一级碎石道碴（TB/T2140-90），分层铺设，分层碾压、捣固。
