工程建设内容包括主体工程和辅助工程，占地面积12288平方米，总建筑面积19409平方米，其中展示系统9083平方米，服务系统1065平方米，后勤及安全系统1458平方米，科研系统2357平方米，库存系统2553平方米，总投资规模1.5亿元。
建筑物结构类型为多层框架结构，建筑物高度25米，馆中设置一面积40×60米大型可视箱体，用于保存从海里打捞上来的“南海一号”古船，供海底考古观光之用，箱体底板设计标高-8.50米（设计标高±0.00=11.20米高程），四周设多层展厅，博物馆为一整体大跨度的重要建筑，工程安全等级为一级，勘察等级为一级；
