湄洲湾的波浪系由风生浪和涌浪组成的混合浪。自湾口至湾顶，各地浪况有所差异。湾口附近因受外海波浪影响，涌浪显著。根据统计，多年平均涌浪出现的频率高达91%。涌浪向约83%集中出现咋司东南和东南偏南风向；口外海域涌浪对湄洲湾的影响只波及大生岛~盘屿一带，再往里则明显衰减，主要是局部风生浪和临近水域传来的小周期涌浪 ；湾顶部位水域相对狭窄，一般主要是风生浪。
受季风影响，湄洲湾多年平均主风浪向为偏东北，崇武、肖厝、秀屿三站出现在NNE、NE和ENE三个方向上的风浪频率之和分别为60.5%、53%和60%。年内春、秋、冬三季以偏东北风为主，相应的风浪向也多出现偏东风向，夏季则多出现在偏南方向。
三、工程地质条件
该码头位于浅海区，地形自岸边向浅海区逐渐倾斜，地貌属滩涂及基岩裸露交替出现滨海相类型。海底上部为淤泥冲积成因类型，下部为花山岗岩地带及基岩地层。
