站房位于新风东路以东、天城路以南、下宁路以西、新塘路以北所围合的区域。站房为5层结构，地上2层，地下3层。地上分别为高架候车层、高架桥、商业夹层和站台层；地下一层为出站层；地下二、三层为地铁进站层和站台层。站房主体建筑东西进深463.45m，南北面宽143.6m，站房主体最高点距地面39.6m。站房总建筑面积为155569㎡（地下建筑面积67438㎡，地上建筑面积为88131㎡）。其中国铁站房建筑面积116725.5m2，磁悬浮站房建筑面积为29523.5 m2，四幢二层的辅助用房建筑面积为9320 m2。
站台层（轨道层）为整个站房最重要部位，承担着火车到发、旅客上下客、换乘等重要功能，站台层以宁杭正线与沪杭正线划分为1-4站台、5-10站台、11-14站台，结构板面标高为-2.250m，总面积约为35740㎡，其中1-4站台结构，位于站房西侧；与站房换乘大厅相连接，施工范围为长129m，宽86m的矩形结构，面积约为11100㎡；5-10站台结构，位于站房中间区域，施工范围为长129m，宽118m的矩形结构，面积约为15220㎡；11-14站台结构，位于站房东侧，与站房换乘大厅相连接，施工范围为长129m，宽73m的矩形结构，面积约为9420㎡。
站台层（轨道层）在既有的4台7线扩建为15线30台（含正线），站场范围内有宁杭正线、沪杭正线、普速场三个部分。宁杭正线、沪杭正线部分采用刚构-连续梁桥结构，普速场采用纵横梁格构结构体系。
纵横梁格构体系为纵横梁+钢筋混凝土板结构。纵横梁采用型钢外包混凝土结构。型钢上翼缘顶面、下翼缘底面混凝土厚度为120mm。混凝土采用C50。板采用钢筋混凝土现浇板，轨道范围内板厚为0.35m，其它区域为0.15m。
