本书为普通高等学校“十五”国家级规划教材。它是在第一版的基础上，根据学科的发展情况和多年的教学实践，由清华大学、浙江大学、南京大学、厦门大学、南京农业大学、华中农业大学与华中科技大学等院校教师共同修订而成。
本书以环境保护与可持续发展为主线，系统阐述环境微生物学的基本知识与原理；深入讨论微生物在环境保护中的作用与地位；具体介绍微生物对人类生存环境所产生的有利作用与有害作用及其实际调控与应用。全书分为环境微生物学基础、微生物治理环境、微生物污染环境及微生物监测环境四篇，共计十九章。为方便读者查询，书末还附有“环境微生物学专业词汇索引”。
本书第一版以合理的结构、翔实的内容和条理清晰的阐述深受广大读者的喜爱。第二版在继承和发扬第一版优势的基础上，着重补充了能体现当代学科发展的新内容和新技术，并精选了部分实例分析，以加强理论与实践的结合。
本书为理、工、农、医、师范各类高等院校环境类及生物类专业教材，也可供从事环境保护、环境监测及有关工作的人员参考。