本矿主采煤层为K7、K6煤层，倾角平均31～43°，为缓倾斜煤层。
K7煤层俗称正炭，位于（T3xj2）近顶部，距顶界约11米，该煤层层位和厚度都比较稳定，全区可采，煤层总厚在1.20～1.80米之间。莲花煤矿K7煤层三分层在矿区内比较普遍，向深部变为四层，纯煤厚度在0.76～1.12米之间，平均为0.84米，是本矿山的主采煤层。K7煤层顶板为厚层至块状细～中粒长石石英砂岩、粉砂岩、砂质粘土岩，伪顶为厚0.15米的炭质泥岩；底板一般为粉砂岩、砂岩。

K6煤层位于（T3xj2）上部，俗称“独层子”，上距K7煤层10～15米，为单层结构。K6可采煤层总厚0.32～0.45米。顶底板为页岩，粉砂岩，偶见砂岩或粘土岩。沿走向时厚时薄，沿倾向变薄。