马鹿箐隧道进口里程为DK251+273,出口里程为DK259+152,全长7879m。全隧道除出口约20m位于Ｒ－3000m曲线上外，其余均位于直线上，全隧道位于15.3‰的上坡段上。线路左侧30m设集施工中地质探洞、通风、排风，增加工作面及运营期间排水等功能贯通平行导坑一座。
本标段位于鄂西北长江与清江分水岭的高山半坡地区，地形极其困难，地质极其复杂。岩溶、顺层、滑坡、断层破碎带和崩塌等主要不良地质现象广泛。马鹿箐隧道围岩级别为Ⅲ—Ⅴ级，隧道内水量丰富，并且发育五个暗河系统。在下统栖霞组及下统吴家坪组均含炭质页岩夹煤层，属煤系地层。
