新建主截污箱涵长1320.569m，桩号为ZHA0+000～ZHA1+320.569,为C25钢筋混凝土矩形箱涵。断面尺寸（长×宽）：4.5×3.4～5×3m，其中ZHA0+000～ZHA0+071.728接一期主箱涵末端控制闸，布置于河道右岸，箱涵尺寸为5×3m，ZHA0+231.728～ZHA1+320.569段布置于河道左岸，箱涵尺寸为4.5×3.4m，主箱涵穿龙岗河干处为减少对防洪的影响，ZHA0+091.728～ZHA0+211.728局部压扁为2孔4×2m，ZHA0+071.728～ZHA0+091.728、ZHA0+211.728～ZHA0+231.728分设20m渐变段过渡。箱涵设计纵坡0.00038～0.0005，标准分缝长度20cm，采用651型橡胶止水，缝间采用闭孔泡沫板和双组分聚硫密封胶填塞。顶板及立壁厚450mm，底板厚500mm。