隧道最深处距江面约25米，上层隧道长2.49公里，下层隧道长2.66公里。隧道设双向八车道，设计时速为每小时80公里。与复兴东路双层隧道上层（净高2.6米）只能通行小车不同，军工路双层隧道的上下层通行净高分别达到4.5米，今后中环路上通行的车辆都能驶入上层或下层。为了方便火灾情况下的逃生，上下层隧道之间每隔80米就要设置一个疏散楼梯。