石坝隧道全长1150m（DK5+550~DK6+700），起点898m为一条完整的左转曲线（R=800m），其余212m为直线非加宽段。纵向轨顶设计标高为73.38m~78.13m，在DK6+400处由3.9‰的上坡变为4.8‰的上坡，线路起讫高差4.75m，按单线电气化隧道标准设计。
隧道内设计采用双侧高式水沟与双侧电缆槽并行，衬砌为喷锚构筑施工支护薄型衬砌。Ⅲ、Ⅳ级围岩段初期支护为锚喷支护，Ⅴ级围岩段初期支护增加格栅钢架和超前锚杆。Ⅲ、Ⅳ、Ⅴ级围岩二次衬砌为厚度不同的模筑防水砼衬砌（设计支护参数参见表1）。初期支护与二次衬砌间每8~12m设环向软式透水软管盲沟，两侧墙脚泄水孔处设纵向软式透水管盲沟，施工缝处设橡胶止水条