属既有线桥涵改造工点总计65座，其中中桥1处，拆除既有小桥新建箱形桥12处、改建箱形涵10处、改建盖板涵4处，平改立（下穿）6处，接长箱形涵28处、盖板涵4处。施工中须拆除既有线涵洞的翼墙或既有桥的锥体护坡。原设计既有线桥涵改造防护方案为：吊轨梁加钢轨桩防护、架设钢便梁、便线过渡等多种方案。但因点多线长，在与乌铁局运输处充分接合后，为确保路局的运输任务，受既有线施工要点计划的制约，2008年建设指挥部的铺轨计划将由于该段桥涵改造施工期限过长产生较大影响，甚至无法实现；且该段内DK399+462～DK420+316地处焉耆县内，均为农田，几乎全部既有桥涵为过水桥涵，农耕流水时间为每年的4月5日至12月5日，期间仅7月份将停水10~15天，使该段内设计为箱形涵（桥）的33处工点无法施工。工期压力非常大。