站房建筑共三层，地下一层为出站层，地上为站台层和高架层。站房主体建筑东西进深463.45m，南北面宽143.6m，站房主体最高点距地面39.6m。站房总建筑面积为155569㎡（地下建筑面积67438㎡，地上建筑面积为88131㎡）。其中国铁站房建筑面积116725.5m²，磁悬浮站房建筑面积为29523.5 m²，四幢二层的辅助用房建筑面积为9320 m²。
杭州东站作为重要标志性建筑，以“钱江潮”的建筑形式主题，体现出杭州 “精致和谐、大气开放”的城市形象和从“西湖时代”迈向“钱塘江”时代的时代特征。“动车”的外形，塑造了一个充满动感的、具有鲜明时代特征和未来感的新型火车站。
工程等级为特级，耐久年限为100年，结构安全等级为一级，耐火等级为一级；屋面防水等级等二级，防水层合理使用年限15年，地下防水等级为一级。本工程0.000相当于黄海高程10.250，自然地面标高约为－4.75。
