工程质量均符合国家、铁道部有关标准、规范和设计文件要求，整体质量达到国内先进水平，并经得起运营的检验和历史的考验。具体指标为：
1.检验批、分项、分部工程施工质量检验评定合格率100%，单位工程一次验收合格率100%。施工过程中杜绝一般责任以上质量事故。
2.主体工程质量零缺陷，其中桥梁隧道混凝土结构使用寿命不低于100年，有砟轨道使用寿命不低于30年。
3.初步验收时，昆明枢纽扩能改造工程实车最高检测时速达到设计速度的100％，国家验收时，所有线路运营速度均能达到设计速度目标值。
4.全面落实铁道部“六位一体”标准化管理要求，实现昆明枢纽扩能改造工程“安全、优质、快速、环保”建设目标。
5. 竣工文件做到真实可靠，规范齐全，一次交接合格。