车站设计起点里程为K16+990.100，站台中心线里程为K17+072.000，终点里程为K17+179.500，总长189.4m，标准段宽度23.6m，车站底板埋深约17.06m，车站与六号线换乘段埋深约25.04m。车站围护结构为人工挖孔桩。西端换乘段采用挖孔桩桩长29米（部分14米），标准段采用挖孔桩长25.2米。挖孔桩桩径1200mm，间距1100mm。围护结构详见《明故宫站围护结构平面布置图》。
二、工程地质及水文地质情况
1、地形、地貌情况
明故宫站场地地貌隶属古秦淮河河漫滩地貌单元，地貌形态较简单。历经长期的人类活动，现为繁华市区东西向交通主要干道，地面标高9.50～10.30m，相对高差0.80m，人工堆填土约1.50m，地势平坦。
2、水文情况
根据明故宫站的地质勘探资料，结合区域地质条件，地下水类型主要有孔隙潜水和承压水，上部场地地下水类型属孔隙水，承压水赋存于③－4e1－2混粉质粘土卵砾石层，该层局部卵砾石为中粗砂充填，赋水性较好，为承压水。地下水主要补给来源为大气降水及人工用水的补给。由于沿线多为城市道路路面，潜水主要接受沿线排水管线和临近地表河水的补给，径流滞缓；承压水主要为侧向补排，相对较稳定。
潜水位埋深介于0.9～1.9m，稳定水位埋深1.00～2.00m，相应高程约9.00m；承压水位埋深介于0.10～8.40m，平均埋深3.5m，相应高程约7.77m。观测结果表明：潜水位和承压水存在约1.23m的水位差，说明深部地下水具有一定的承压性。
地下水对混凝土无腐蚀性，对钢筋混凝土中的钢筋无腐蚀性，对钢结构有弱腐蚀性。
3、地基土的分析和评价
①-1 杂填土
杂色，松散，表层0.5m左右为沥青路面和块石垫层，下部以粘性土夹碎石、砖等，层底埋深0.7～2.50m，层厚0.7～2.5m。
①-2b2-3 素填土
灰黄～灰色，稍密～中密，以可～软塑状粉质粘土为主，夹少量碎、瓦片等，层底埋深1.8～3.8m，层厚0.5～2.4m。
②-1b2-3 粉质粘土
黄灰色，可～软塑，夹粉土薄层，水平层理，无摇振反应，韧性中等，干强度中等，层底埋深3.0～6.5m，层厚0.4～3.5m。
②-1c2-3 粉土
黄灰色，稍密～中密，夹粉质粘土薄层，水平层理，中等摇振反应，韧性低，干强度低，层底埋深4.3～8.5m，层厚0.7～4.5m。
②-2b4 淤泥质粉质粘土
灰色，流塑，含腐植质，夹粉土薄层，韧性中等，干强度中等，压缩性高，层底埋深11.0～19.0m，层厚5.8～14.4m。
②-2d2-3 混泥质中粗砂
灰色，稍～中密，粉质粘土与中粗砂混杂，交错层或团块状，非均质，层底埋深13.5～16.0m，层厚2.0～2.8m。
②-3b2-3 粉质粘土
灰色，软～可塑，夹粉土薄层，切面光滑，干强度中等，韧性较高，中高压缩性，层底埋深13.5～16.0m，层厚2.0～2.8m。
③-1b1-2 粉质粘土
灰黄色，硬塑～可塑，含少量铁锰质结核，刀切面光滑，干强度高，韧性较高，中等压缩性，层底埋深15.5～19.3m，层厚0.8～6.1m。
③-4e1-2 混粉质粘土夹砾石
灰黄色，中密～密实，粉质粘土、卵砾石混杂，卵砾石含量30～60％，石英质为主，次圆状，粒径一般3～7cm，局部有粗砂充填，夹粉质粘土透镜状，层底埋深19.0～25.8m，层厚0.1～8.4m。
③-4b2 粉质粘土
灰黄色，可塑，夹粉土，切面光滑，干强度高，韧性高，层底埋深19.7～21.4m，层厚1.2～1.9m。
K1g-1a 泥质粉砂岩（强风化）
紫红色，密实，泥质粉砂岩强烈风化，呈砂土夹泥状，遇水极易软化崩解，夹碎石状岩屑，层底埋深23.2～27.3m，层厚1.2～5.0m。
K1g-2a 泥质粉砂岩（中风化）
紫红色，极软岩，中等风化，呈碎块～短柱状，层状构造，泥质胶结，软化岩石，裂隙较发育，完整性差，层底埋深未揭穿。