站内共有股道4条，其中正线两条，分别为沪昆上、下行线，到发线2条。
根据要求将衢州站货车到发线及调车线迁往衢州东站（既有樟树檀站）。新建的衢州东站可以满足8条到发线（含正线2条）、4条调车线及2条尽头式存车线平面布置要求，其中2条尽头式存车线给衢化专用线存车用，存车线按不穿越城市道路立交桥原则设计。到发线最小有效长850m，存车最小有效长850m。株洲端站对右设尽头式机待线和调车牵出线各1条，牵出线有效长850m，机待线有效长45m。杭州端下行线侧设机务所一处，近期设机车待班线2条，远期预留1条，有效长80.5m。由于增加了股道数量，按设计要求线间增设排水槽6条。
四、主要工程量
迁改既有线两侧封闭栅栏共计约6公里。
