车站现有基本站台和中间站台个一座，均为350m*8.5m*0.3m。既有西潘楼站正线为60Kg/m钢轨，1道、3道、4道、6道为43Kg/m钢轨，5道为50Kg/m钢轨，均为钢筋砼轨枕，正线为1760根/Km，站线为1520根/Km。既有道岔10组，正线上4组为P50-1/12道岔，其余6组为P50-1/9道岔。阜阳段有一燃料厂专用线引入。
新改造涡阳站站内新增4道线路一条，长度为1071m。阜阳端咽喉区向阜阳方向外移，站内股道有效长由原850米延长至1050米。两端咽喉区道岔改建，共新铺单开道岔26组，交叉渡线2组；拆除单开道岔18组。既有基本站台需拆除，新建基本站台，新建基本站台标准为430m×8.0m×0.3m。中间站台改造引起既有旅客地道按原标准接长6米。