整个站区南临北环路，北临苏站路，东西侧为苏虞路和广济路。车站主站房南北长310米，东西长480米，平面功能上由南站房、北站房和中央候车大厅组成，整体建筑平面承“工”字型布局，北区城际站房建筑面积为34890m2，于2010年7月1日竣工通车；南区普速站房建筑面积为50827m2。建筑地上两层，地下三层，建筑一层中部为站台层，南北站房为进站大厅和售票大厅，层高为8.7米，二层为候车室，空间高度约13米。地下一层为出站大厅兼城市过街地下通道，层高11.55米。
本工程基坑南站房坑深约9.55～10.65米，北侧为国铁站台，南侧为火车站南广场地下空间。行包库房基坑深约7.80米，北连行包通道与邮包通道，西侧为南北联系通道。基坑采用放坡及土钉墙作为围护结构的明挖法施工。围护结构的施工是随着基坑开挖分段分层施工。
