车站站型为地下两层局部与物业开发相结合的10.5米岛式站台车站，标准段为单柱双跨结构，有效站台中心里程为SK20+982.458，车站设计分界里程为SK20+876.908～SK21+069.158（内包），车站有效站台中心里程顶板现状覆土约3.0m（规划覆土3.5m）。
车站基坑长约192.25m，宽18.7～22.9m，车站标准段高度为14.11m，东西端头井基坑深分别为18.7m、19.16m。
(1)主体结构:孔浦站为单柱双跨、局部双柱三跨现浇钢筋混凝土箱型结构，车站采用明挖顺作法施工，车站有效站台中心处顶板覆土厚度约3.5m。标准段基坑深为17.40m，围护结构采用40.0m、38.5m、37.5m、34.0m深800mm厚地下连续墙，沿基坑深度方向设置四～五道支撑，其中第一道采用钢筋混凝土支撑，第二道和第三道为Ф=609，t=16mm的钢支撑，第四道和第五道为Ф=800，t=16mm的钢支撑；结构侧墙厚450mm，顶板厚900mm，中板厚400mm，底板厚1000mm。端头井基坑围护结构采用38.5m深800mm厚地下墙，沿基坑深度方向设置六道支撑，其中第一道为800×1000mm的C30钢筋混凝土支撑，第二道至第四道为Ф=609，t=16mm的钢支撑，第五道和第六道为Ф=800，t=16mm的钢支撑。
(2)附属结构:车站共设2个风道和4个出入口，其中1号出入口预留，2号出入口与风道合建，3号出入口与远期物业相结合，4号出入口与风道合建。车站附属结构均为地下一层结构，底板埋深约11.0m，围护结构采用∅800@950钻孔灌注桩外设双排∅650@450水泥土搅拌桩止水帷幕+内支撑。