隧道地处亚热带季风气候区，冬季较短，温暖湿润，年平均气温19.5oC，多年平均降水量1400～2000毫米，雨量丰富，每年4～9月为雨季，降雨量占全年的70%以上，并常伴有台风暴雨出现，全年无霜期296天。对青云山隧道涌水按照以堵为主的原则，对已开挖涌水地段，先对涌水点进行埋管集中引排，待涌水量及水压减小后再采用加固圈3m径向注浆加固围岩堵水，其设计参照“永莆施图（隧），其具体注浆里程段落和注浆部位根据四方会堪变更纪要确定。
根据设计要求，洞内渗水采用“以堵为主、限量排放”的治理原则进行，保证隧道周边生态环境不被破坏，防止周边溪流、泉眼等不会因隧道施工而枯竭。在隧道进行开挖支护后，对围岩裂缝密集处或有渗涌水地段采用注浆固结止水的方式处理，注浆材料为水泥净浆浆液，注浆应分区段、分序加密的原则进行。